Det afvekslende herregårds landskab med en blanding af skov, landbrug, eng, vådområder og søer giver enestående muligheder for at skabe ideelle vilkår for naturforvaltning, jagt og fiskeri.

Gisselfelds kerneområde udgør 3.000 ha, som er samlet i 1 enhed omkring slottet, de resterende 850 ha er fordelt på en række mindre skove og moser.

Med baggrund i ovenstående forudsætninger og en målsætning om en stadig bevaring og udbygning af landskab og biotoper, har godset som det første i Danmark i 2004 udarbejdet en samlet ”naturplan” for alle arealer og elementer. Denne plan indeholder data vedr. fauna og flora, samt oplysninger om bl.a. beskyttede naturtyper, særlige driftsforhold m.m. Desuden opsætter planen også målsætninger for nogle af enkelt elementerne.

Planen er ment som et værktøj til løbende at holde fokus på de forvaltningsmæssige udfordringer og opgaver, i forbindelse med driften af godset som en effektiv land- og skovbrugsvirksomhed. Det er klart for enhver, at en sådan plan ikke kan være en stationær plan, men at den løbende skal opdateres med baggrund i generelle driftsmæssige, strategiske og lovgivningsmæssige forhold.

Der lægges stor vægt på at udvikle hele godset, således at forholdene for vildt og natur er optimale. Det betyder, at der løbende plantes nye små biotoper, etableres levende hegn og at det bestående plejes med jævne intervaller.

Gisselfeld Kloster har i 2008 med baggrund i ønsket om at skabe en kronvildtbestand udsat 14 stk. kronvildt på den frie vildtbane. Det er et ønske at tilføre både de jagtlige interesser, men ikke mindst de naturmæssige en ekstra dimension med dette tiltag.

Hvor stor bestanden vil blive, og hvor meget den vil brede sig, er meget vanskeligt at forudsige, men udgangspunktet er en bæredygtig bestand, under hensyntagen til især de landbrugsmæssige og forstlige interesser.

Godset huser desuden en stærk bestand af dåvildt, der siden 1993 har været forvaltet igennem en stramt styret afskydningspolitik. Bestanden er i dag på ca. 500 dyr og udvikler sig stadigt, ligesom der nu til stadighed hentes meget fine trofæer fra bestanden.

Råvildtbestanden er stærk og vidt udbredt og findes på alle godsets arealer. Det er langt det talrigste af de store hjortearter.

Gældende for alt hjortevildt er, at der i vinterperioden, oktober – april, foretages en støttefodring med bl.a. roer og havre. Dels for at holde den store bestand i god form, dels for at holde vildtet fra at gøre skade på land- og skovbrug.

De mange små biotoper – remiser, levende hegn, små skove, søer, sammen med det kuperede landskab skaber også mulighed for en særdeles god kvalitet af fugle- og småvildtjagt. Det er især fasaner og ænder, men også gæs og duer er talrige. Markvildt som agerhøne og hare er efter flere års tilbagegang i dag igen på vej op. Formentlig med baggrund i forbedring af deres biotop.

Listen af arter i faunaen er lang, men nogle få kan nævnes. Kronvildt, dåvildt, råvildt, harer, ræv, skovmår, husmår, grævling, ilder, mink, brud, lækat, pindsvin, egern og mange flere.

På fuglesiden: havørn, fiskeørn, rød glente, rørhøg, blå kærhøg, vandrefalk, tårnfalk, lærkefalk, musvåge, hvepsevåge, ravn, råge, gråkrage, husskade, mange andearter, mangelappedykkerarter, skallesluger, hættemåge koloni, fiskehejre, grågås, sædgås, canadagås, bramgås, knortegås. Desuden et utal af mindre fugle tilknyttet de forskellige biotoper bl.a. vandstær, isfugl, digesvale.

De mange søer og vandløb giver gode fiskemuligheder. Mange af Gisselfelds søer er kunstigt skabt til bl.a. karpefiskeri. Karpefiskeriet kom til Gisselfeld allerede i 1500-tallet og igennem de sidste 15 år er alle karpedamme igen besat med karper.

Udover karper er fisk som gedde, sandart, aborre, suder, bækørred almindeligt forekommende på Gisselfeld.

I visse vandløb og søer findes desuden en meget gammel bestand af flodkrebs.

I de mange gamle karpedamme – 23 i alt – som i dag ligger spredt ud over godsets areal og indgår i landskabet som naturlige søer, kan vandstanden stadig reguleres og søer tømmes lejlighedsvis, dels for at forvalte fiskebestanden, dels for at forbedre bund og vandkvalitet. Dammene står således tomme f.eks. en vinter over. Herved omsættes næringsstoffer og en del uønskede planter som åkande hæmmes. Denne løbende vedligeholdelse både af fiskebestand og vand- og planteforhold sikrer en god kvalitet på natur og fiskeri.

Godsets største sø er på 66 ha og med en dybde på op til 23 m tilbyder den meget fint fiskeri. Denne så er natura 2000 område. Der drives ikke jagt i søen, da søen er et vigtigt rasteområde. Desuden er en stor del af den 200 ha store mose Porsemosen udlagt til natura 2000.

Gisselfeld har igennem de senere år udlagt store arealer til naturgenoprettelse og har i samarbejde med den danske stat gennemført disse projekter.

Det drejer sig om Gødstrup Engesø et fælles projekt med naboer, hvor bl.a. enge landbrugsjord blev konverteret til sø og vådområde. Gisselfeld indgik i dette med i alt 90 ha – den samlede vandflade udgør en ny sø på 54 ha. Området har udviklet sig til et af de bedste fugleområder på Sjælland. Samtidig virker område til at tilbageholde kvælstof fra det bagvedliggende landbrugsareal.

Udover dette er indgået aftaler med myndighederne og skov- og naturstyrelsen om naturgenoprettelse i Holmegård mose – 33 ha – en del af et meget stort projekt.

I 2009 er der desuden planlagt og projekteret et projekt omfattende ca. 100 ha, der udlægges til våde enge med genslyngning af vandløb og særlige plejeforanstaltninger til beskyttede fuglearter.

Hele satsningen på naturforvaltning er nøje planlagt med baggrund i at skabe størst mulige værdier på langt sigt både for Gisselfeld og samfundet.

På hovedparten af godsets arealer er jagt, færdsel og fiskerettigheder udlejet og der er i den forbindelse istandsat huse og hytter til brug for de mange gæster og kunder, der i den anledning besøger godset.

Godset udlejer til de omliggende kommuner skov og bygninger til 3 forskellige børnehaver.

Udlejning af jagt, fiskeri og færdselsrettigheder er godsets tredje største driftsgren og bidrager dermed væsentligt til den samlede økonomi.